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Bachelorarbeit, Masterarbeit, Studienarbeit, Diplomarbeit:

Verarbeitung und Klassifizierung von Sequenzierungsdaten mit neuronalen Netzen

Im Rahmen des Projekts DNA

Beschreibung

Der Forschungsbereich der Genomik und insbesondere der DNA-Sequenzierung hat in den letzten Jahren große Fortschritte gemacht. Ein zentrales Ziel von Sequenzierungsexperimenten ist das Identifizieren verschiedener Typen genetischer Variationen (engl. variant calling). Ein neuer Ansatz für dieses Problem ist es, Gruppen von ausgelesenen DNA-Abschnitten als Bilder zu visualisieren und diese Bilder mit einem neuronalen Netz nach dem Typ der genetischen Variation zu klassifizieren. Um die breite Anwendbarkeit der DNA-Sequenzierung - zum Beispiel in der personalisierten Medizin - zu gewährleisten, forscht das TNT an entsprechenden Verarbeitungsverfahren für Sequenzierungsdaten. Im Rahmen dieser Arbeiten suchen wir Verstärkung im Kontext einer Studien- oder Abschlussarbeit.

Voraussetzungen

In dieser Studien- oder Abschlussarbeit entwickelst und testest Du Algorithmen für die Verarbeitung und Klassifizierung von Sequenzierungsdaten mit neuronalen Netzen. Hierbei erhältst Du die Gelegenheit auf dem aktuellen Stand der Technik zu forschen. Bei entsprechend guten Forschungsleistungen bieten wir Dir die Gelegenheit, Deine Ergebnisse als Paper zu veröffentlichen. Wir erwarten gute bis sehr gute Programmierkenntnisse in Python und/oder C/C++, Spaß am Programmieren sowie Kreativität, um neue Verfahren zu entwickeln. Empfohlen sind Kenntnisse in den Bereichen Machine Learning, Informationstheorie und Signalverarbeitung.

Ansprechpartner: Jan Voges